La sua linea di profumi è anch'essa molto popolare. Il suo primo profumo, Classique femminile fu introdotta del 1993, seguita da Le Male, per uomo. Entrambi ebbero molto successo e Le Male è il profumo per uomo più venduto nell'Unione europea. Tutti i profumi di Jean-Paul Gaultier sono prodotti sotto licenza dalla Beaute Prestige International, la sezione parigina della compagnia giapponese Shiseido che produce anche i profumi di Narciso Rodriguez e Issey Miyake.